A área de Controle Interno tem por competência ajudar a proteger os recursos financeiros e contábeis contra desvios e outros atos de corrupção, e assim colaborar para a eficiência do serviço prestado e proteger patrimônio. Esse trabalho é realizado por meio de métodos e procedimentos que verificam a conformidade de documentos com normas e leis, criadas para dar segurança jurídica à administração, e garantem a confiabilidade de informações.

Para efetivar o controle interno das contas públicas, deve-se considerar as formas de organização, instruções, padrões, comitês, planos de contas, orçamentos, relatórios, registros, projetos, inventários, treinamentos, entre outros instrumentos administrativos.

O Controle Interno também deve verificar e assegurar a proteção do patrimônio e a veracidade e fidedignidade das informações contábeis e não contábeis da organização, por meio de conciliação de documentos e planos de contas. Para isso, deve-se ter pessoas treinadas e qualificadas, para que a eficiência dos sistemas não seja comprometida.

O controle interno não deve ser confundido com auditoria interna, que é o controle da própria gestão com atribuição de garantir a eficiência e eficácia de outros controles.